unityから他のアプリにキーを送る 

sendkeysで送れる
SendNotifyMessageのほうが、返答待ちしないからいいらしい

[DllImport("user32.dll", EntryPoint = "SendMessageA")]
extern static int SendMessage(int hwnd, int msg, int wParam, int lParam);

unityで使う場合、pluginsにwin32やformのdllを持ってくる必要があるが
win32はもう廃止の流れwinRTを使ったほうがいいかも。
でも、あまり情報なし

プロテクトがかかってるゲームなどはキーが送れない、フィルタドライバから送らないと無理かも